Aaliyah è la secondogenita di Michael e Diana Haughton,il fratello maggiore è Rashad Haughton.
Aaliyah è sempre stata supportata dalla sua famiglia e la madre e il fratello sono stati suoi assistenti e collaboratori durante la sua cariera.Lei stessa diceva che il suo successo era dovuto all'enorme supporto della sua famiglia.Aaliyah ha avuto solo una relazione ufficiale con Damon Dash, artista hip hop allora collaboratore del rapper Jay z. La relazione è durata fino alla morte di Aaly.